A coordenação nacional da RRN é exercida pelo Coordenador Nacional, nomeado pelo Diretor Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural.

A Estrutura Técnica de Animação (ETA) é constituída por uma unidade central integrada na Direção Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural e por sete Pontos Focais Regionais, um em cada Direção Regional de Agricultura Pescas e em cada uma das Secretarias Regionais que tutelam o sector agrícola nas Regiões Autónomas. O Conselho de Coordenação (CC) é um órgão que apoia o Coordenador Nacional na elaboração do Plano de Ação e dos Planos de Atividades e na operacionalização da Rede Rural Nacional.